Если вы не видите нужные объекты в библиотеке объектов, то возможно они находятся отдельно. Например, ствол и листва дерева могут существовать как два разных фейка. Если у вас нет желания редактировать свойства каждого фейка индивидуально, вы можете попробовать использовать конвертер с оригинальным SDK Тени Чернобыля. В этом случае загрузите файл gamemtl.xr из оригинальной версии игры в папку gamedata вашего SDK и удалите проблемные объекты из rawdata\objects\levels\, затем повторно выполните конвертацию уровня.